经过一系列“改装”，日本人开始在岛上盗采鸟粪，经营海产，推行日本政府所谓的“水产南进”政策。清政府获悉上述事件后，电告两广总督张人俊负责调查。又由海军提督萨镇冰派遣以黄钟瑛为舰长的“飞鹰”驱逐舰，二次开赴东沙巡查取证。
“飞鹰”舰是中国第一代驱逐舰，从德国伏尔铿厂建成买回，排水量吨，马力匹，航速24节。黄钟瑛前后两次，领“飞鹰”舰赴东沙巡视取证，广泛走访了尚在东沙海域坚持生产捕鱼的中国渔民，搜集到大量原始资料，许多渔民提供了长期在东沙捕鱼的证据，纷纷控诉日本侵略者入侵东沙的种种暴行。
由于日人多佩刀，黄钟瑛带领武装官兵上岛巡查，发现庙宇虽毁，但基石尚在，渔民所提供的，被日人“改造”前中国人长期建设形成的格局，其地理坐标准确无误，也见到日人新开的专养玳瑁池，二次巡查结束后，黄钟瑛将所得证据写成报告上报政府。渔民及商人，也禀文要求保护，呈文摘录如下：
缘商等历年均有渔船到广东惠州属岛之东沙地方捕鱼为业，于光绪三十二年，忽有日人到岛，将大王庙一间毁拆。查该庙系该处渔户公立之所，坐西北，向东南。庙后有椰树三株，现下日人公然在此开挖一池，专养玳瑁。前期该庙之旁，囤有粮草伙食等物，以备船只到此之所需，今已荡然无存。渔船之附属舢板六只也不复存在……并斥驱我船离岛。
商等因念此岛向隶我版图，渔民等历代在此捕鱼为业，安常习故，数百余年。今日人反客为主，商等骤失常业，血本无归，而海权失落，国体攸关，以故未肯轻易离去。本月廿日，适遇我国“飞鹰”兵轮并海关开办巡轮两只前来查勘该岛，商等即将一切情形缮禀，恳请代为转详各大宪，力求保护。
两广总督张人俊经派员实地勘查，证实日人西泽所占之岛,即我闽粤两省渔民早已开发经营的大东沙岛，因而携证向日本驻广州领事提出交涉，几经数月谈判，因中国所列人证、物证俱备，证据确凿，日本领事无言以对，不得不承认东沙群岛为中国领土。经数月谈判，年8月26日中日双方议定中国收回东沙岛！
年10月7日，张人俊派蔡守等人前往东沙岛接收，并举行盛大的接收庆典，是时鸣炮升旗，行接收礼，广海兵舰燃贺炮21响，以庆贺东沙岛回归祖国怀抱。
这次从日本侵略者手里收回东沙岛主权，是中国政府维护领土主权的一次重大行动。同样，我国对南海其他岛礁的现代主权意识，也是在清末正式确立！
宣统元年，即使年，广东水师提督李准率伏波、广金、琛航3舰巡视西沙群岛，同行人员达余，包括测绘员、化验师、盐务人员、港商、无线电工程师、钻探工程师等。这次不单是武装巡逻，而且登上岛屿进行科学考察，测绘地图，调查资源，并对所到岛礁中的15座命名立碑，在永兴岛上升旗鸣炮。（全文完）
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